Anni 90

Gli anni 90 vedono all'orizzonte nuove persone disposte a prendere le redini della società, un gruppo di imprenditori guidati dal presidente Antonio Circi. Il primo campionato non inizia in maniera esaltante ma prosegue con un continuo inseguimento alla vetta, che si concretizza alla fine solo con un terzo posto. Nel campionato 1991/92 l'Aquila rinuncia a partecipare al girone abruzzese per approdare al girone "L" con squadre laziali e toscane e chiama alla guida il tecnico Leonardo Acori. I rossoblù, largamente rafforzati rispetto al precedente campionato, partono subito in testa e concludono la cavalcata ancora al comando purtroppo insieme ad un'altra squadra: l'Acilia, ed è spareggio. Si gioca al Flaminio davanti a ottomila spettatori ,dopo aver lottato per novanta minuti, gli uomini di Acori riescono ad avere la meglio nei tempi supplementari con due reti di D'Agostino al 101' e di Naso al 121'.

Le Formazioni dello spareggio del Flamnio

L'Aquila conquista così la vittoria nel girone ,ma non basta; per tornare in C2 bisogna affrontare un altro spareggio con il Gualdo Tadino in una duplice sfida. Dopo aver perso per 2 a 0 in quel di Gualdo si torna al Fattori dove davanti ad un pubblico eccezionale di 12000 spettatori ,che non si vedeva da tempo, i rossoblù non riescono a ribaltare il risultato. Gli umbri passano in vantaggio al 10' sgretolando i sogni dell'Aquila, che riesce solo a pareggiare ,al 45' con Crialesi su calcio di rigore. 

E così al termine di un campionato emozionante, all'appuntamento più importante i rossoblù hanno riservato ai propri sostenitori, finalmente numerosi, una grande delusione. L'anno seguente con alcuni innesti di qualità ,e con un nuovo tecnico: Massimiliano Cherri, l'Aquila disputa un ottimo campionato ,ma spreca tutto con tre pareggi negli ultimi tre incontri. Dopo essere stata sola al comando per diverse giornate, viene così raggiunta in testa dalla Torres proprio all'ultima partita. La storia si ripete: di nuovo spareggio, di nuovo al Flaminio. Questa volta però lo stadio romano non porta fortuna alla compagine aquilana che seguita a Roma da oltre 6000 tifosi, viene sconfitta per 2 a 1.

Una delusione tremenda, dopo aver vinto per due volte di seguito il campionato, la serie C2 è ancora un sogno, ma la dichiarazione dell'allenatore della Torres Zolo alla fine della partita, è quasi una profezia: "Se esiste una giustizia, la Lega deve ripescare l'Aquila in C2.Non si può ignorare il fatto che questa squadra ha vinto per due anni consecutivi il campionato e non si possono ignorare neanche una società solida e una tifoseria meravigliosa, ne il particolare che L'Aquila è pur sempre un capoluogo di regione". Nell'Agosto del 1993 infatti, la Federcalcio ripesca l'Aquila in C2 , finalmente dopo undici anni di sofferenze e tre spareggi, si torna tra i professionisti.

Il nuovo campionato di C2 viene affrontato con una rosa rinnovata e con Ballarò alla guida. La squadra di Capitan Cicchitti, alla sua quinta stagione in rossoblù , disputa un grande campionato.

Con un cambio di allenatore durante la stagione, Nobili al posto di Ballarò, si conclude al sesto posto, un risultato più che positivo per una neo promossa. L'anno successivo si apre una pagina nera del calcio aquilano, che rischia di scomparire per problemi societari dovuti a debiti miliardari e all'incapacità delle persone che hanno tentato di salvare la situazione in extremis. La società viene cancellata dalla C2 e viene fondata l'A.S. L'Aquila, che solo grazie ai suoi trascorsi sportivi si iscrive al campionato di Eccellenza regionale, evitando così di ripartire dalla terza categoria. Il campionato di Eccellenza 1994/95 viene affrontato con una società completamente aquilana: dirigenti, giocatori e tecnici. Il presidente è Petrilli e, guidata da Ferzoco, ex giocatore  rossoblù, la squadra raggiunge il terzo posto. Nel 1995/96 c'è la fusione tra l'A.S. L'Aquila e il Paganica Calcio che milita nel CND(Campionato Nazionale Dilettanti) la nuova società prende il nome di VIS L'Aquila, e vede alla presidenza l'aquilano Gabriele Valentini. I giocatori sono quasi tutti nuovi c'è da segnalare il  ritorno del tecnico Bruno Nobili, di Marcosanti e Cacciatore già rossoblù ai tempi della C2. Il campionato si conclude con un deludente ottavo posto, dopo le dimissioni di Nobili che viene sostituito nelle ultime dieci partite da Scarsella, allenatore in seconda. Il mancato raggiungimento di un accordo per una fusione tra la VIS L'Aquila e la polisportiva L'Aquila ha fatto si che la città abbia due squadre da sostenere, in quanto la Polisportiva si è nuovamente iscritta al campionato di Eccellenza. Un campionato molto deludente nel quale non si è riusciti ad evitare la retrocessione. Nel 1996/97 la città torna ad essere rappresentata da una sola squadra con il nome di G.S. L'Aquila Calcio, visto che la Polisportiva ha ceduto il titolo di "Promozione" al Moro di Paganica. Il nuovo tecnico è Eugenio Natale ,la rosa viene nuovamente rivoluzionata con il ritorno di Cicchitti e DiChio, nel corso del campionato ci sarà il ritorno di un atro ex: Angelo Crialesi che sostituirà in panchina Eugenio Natale. Il campionato termina con l'Aquila al quinto posto e quindi qualificata per i play-off che stabiliscono la graduatoria per i ripescaggi. Il 1997/98 è un anno importante per il calcio aquilano e per la società costruita da Gabriele Valentini, un campionato dominato dalla squadra guidata dai fratelli Sanderra, che non ha lasciato scampo alla pur forte formazione del Rieti, che ha combattuto per tutta la stagione. 

Una ritorno in C2 strameritato da tutti i giocatori e tutti i dirigenti, che hanno riportato fra i professionisti una città che calcisticamente, pochi anni prima sembrava destinata a scomparire. Il ritorno in C2 vede una nuova rivoluzione; della rosa dello scorso anno rimane un solo giocatore: Cagnale, cambia anche l'allenatore, viene scelto Aldo Ammazzalorso. 

Il campionato inizia nel migliore dei modi con la squadra prima in classifica per diverse giornate, e i tifosi che iniziano a sognare. Tra alti e bassi e con un cambio al vertice societario, L'Aquila disputa un buon campionato concludendo al sesto posto, ad un passo dai play-off. La nuova società del Presidente Michele Passarelli e del Direttore Generale Lorenzo Perrone, riesce alla prima stagione a centrare una storica promozione in C1 nella stagione 1999- 2000. Dopo un esaltante campionato che ha visto L'Aquila conquistare la piazza d'onore, i ragazzi di Aldo Ammazzalorso nella finale dei play off, disputata sul neutro di Avellino davanti a 4000 tifosi aquilani, sono riusciti, grazie anche ad uno strepitoso Sansonetti, a lasciare la porta inviolata e a conquistare la promozione grazie al miglior piazzamento in campionato.