Anni 2000
Dopo la promozione in C1 la nuova società non si è accontentata, ha ingaggiato il tecnico Paolo Stringara ed ha approntato una squadra capace di ben figurare nella terza serie nazionale.
Dopo un girone di andata concluso in testa alla classifica al pari del Palermo, i rossoblu' hanno accusato nella seconda parte del torneo una lunga serie negativa che li ha portati fuori della zona play off.
La stagione 2001-2002, si apre con un nuovo tecnico, Gabriele Morganti, e con l'allontanamento del Direttore Generale Lorenzo Perrone, sostituito da Glauco Balzano. Dopo un avvio ad handicap, con 2 punti in sette gare alla guida della squadra è stato promosso il secondo Augusto Gentilini, con il compito di portare L'Aquila alla salvezza. Con Massimo Passarelli al timone della società e grazie anche al prezioso apporto del responsabile dell'area tecnica Antonello Preiti, arrivano pedine di qualità come Affuso, Ola e Montasser a rafforzare l'organico nel mercato di Gennaio
L'Aquila nuovo corso è tutta un'altra cosa, arrivano i risultati e tutto l'ambiente crede fortemente nella permanenza in C1; permanenza che viene raggiunta anche con una giornata d'anticipo, grazie al successo esterno di Benevento. La sconfitta interna con la Fermana non rovinerà più di tanto la festa dei tifosi aquilani.
La stagione 2002-2003 vede L'Aquila soffrire ancora in fondo alla classifica prima di raggiungere con uno sprint finale la salvezza nello spareggio play out contro il Paternò.
L'estate che segue sarà la più lunga della storia del calcio aquilano, con la società prima non iscritta dalla Federazione e poi riammessa dal Coni grazie ad una lunga battaglia anche legale. Con a capo della società Eliseo Iannini arrivano solo delusioni con la retrocessione e il fallimento. Il 2004 sarà quindi ricordato per la seconda cancellazione del calcio aquilano.
L'anno calcistico 2004-2005 vede per la prima volta l'assenza, ai nastri di partenza da qualsiasi campionato, dell'Aquila calcio. Grazie al Presidente del Montereale Pasquale Specchioli, L'Aquila calcio real ripartirà dalla stagione 2005-2006 dal campionato regionale di eccellenza con tante ambizioni. Le cose però non vanno come preventivato in estate e dopo il licenziamento del tecnico Mazza arriva il periodo più difficile della stagione con L'Aquila che arriva a ridosso della zona Play out. A questo punto subentra alla guida della società rossoblù il Presidente Massimo Severoni, che con il suo staff dirigenziale riesce a far risalire L'Aquila calcio in classifica fino a sfiorare per un punto la qualificazione ai play off.
Ma ancora una volta, nonostante le tante buone premesse della vigilia, la stagione 2005 - 2006 con Francesco Montarani in panchina e dopo una grande rimonta, si chiuderà con il sesto posto in classifica ad un solo punto dai play off. L'anno successivo il DG Gabrielli, nonostante l'ottimo lavoro di Montarani, decide di non confermarlo e di affidare la squadra a Piero di Iorio. Anche questa scelta non darà i frutti sperati e dopo un breve ritorno di Montarani, la panchina sarà affidata a Carlo Susini che, in una situazione di grande confusione societaria, riuscirà a portare la squadra alla vittoria della Coppa Italia regionale e ai quarti della competizione nazionale.
La stagione sportiva 2007-2008 vede il ritorno al timone della società aquilana di uno staff tutto Aquilano guidato dal Presidente Elio Gizzi.
